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Spätglaziale Gletscher hinterließen mit Moränen, Gletscherzungenbecken und Schmelzwasserrinnen eine hügelige Landschaft. Bekannte Spuren dieser bewegten Vergangenheit Rügens sind die zahlreichen Findlinge und die berühmten Kreidefelsen mit ihren Fossilien und Feuersteinschichten.

Feuerstein ist ein hartes Kieselgestein organischen Ursprungs, das in Form von großen Knollen oder Platten in jura- und kreidezeitlichen Ablagerungen zu finden ist. Die Entstehung des heutigen Rügens ist eng verknüpft mit der Entwicklungsgeschichte der Ostsee. Vor rund 7.000 Jahren kam es zu einem relativ raschen Anstieg des Meeresspiegels, durch den große Landesteile überflutet wurden.

Die höher gelegenen Gebiete blieben als Inselkerne zurück, ihre Außenküsten wurden durch die Brandung zu Steilufern geformt. Das durch die Brandung abgetragene Material wurde durch windbedingte Küstenströmungen meist seitlich der Inselkerne, im sogenannten Strömungsschatten, wieder angelagert (siehe Feuersteinfelder). Dieser Küstenausgleich führte zu der Bildung von Landzungen, den sogenannten Nehrungen oder Sandhaken, die die Kerninseln verbinden und dabei Küstengewässer einschließen (siehe Schmale Heide).

Die von der offenen See getrennten Küstengewässer bezeichnet man als Bodden, eine kleinere Bucht innerhalb eines Boddens wird als Wiek bezeichnet. Auch heute gibt es laufend Küstenabtragungen und damit verbundene Landversetzungen, beispielsweise am Kreidekliff von Jasmund.