Alle Länder in der EU stehen vor der Herausforderung, ihre Lebensräume und die Wasserqualität zu erhalten und zu verbessern. In dieser Arbeit wurde eine äußerst wichtige Frage versucht zu beantworten. Bei zwei verschiedenen Plänen, zwei verschiedenen Ansätzen und zwei verschiedenen Möglichkeiten sind Konflikte vorprogrammiert. Das Ziel von Natura 2000 wird es die gefährdeten Lebensräume und Arten zu erhalten, die Wasserrahmenrichtlinie strebt einen guten Zustand der Gewässer an.Um ihre Verpflichtungen zur Umsetzung der dringenden Maßnahmen zu erfüllen, ist es erforderlich, dass die Mitgliedsstaaten Investitionen in Maßnahmen vornehmen. Die Kenntnis von EU- Fonds ist wesentlich für die Finanzierung von Natura 2000 und WRRL- Maßnahmen. Damit wird ein Beitrag zur Umsetzung von Natura 2000 und WRRL ermöglicht. Diese Arbeit sollte dabei helfen, die rechtlichen Aspekte, die EU Finanzierungsinstrumente, und die möglichen Überschneidung der Fonds zu erkennen. Bestehende Instrumente können positive Auswirkungen für Lebensräume und Gewässernetze haben und den richtigen Weg zum Erreichen des harmonisierten Zieles von zwei unterschiedlichen Richtlinien zeigen.